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，尽管存在着气候与地区的不同，但仍保持着一种共同类型的印记。
人类的家族成员印第安人生活在这几乎与世隔绝的地区。尽管传说中的印第安人无不充满暴戾之气，但是洪堡德一行人却有幸碰上了热情和善的印第安人。当地土著以欢迎贵宾的方式设宴款待他们。
他们再次返回奥里诺科河时，到了一座山坡，那里有一块巨大的岩石，千万年的激流已将它掏空，形成了一个很大的洞穴。这就是印第安阿托贝族的磐石般的墓地，里面有近600具尸体。每具尸体都躺在一种篮式的坑里，坑的大小与死者的年龄相称，还有专为未足月出生的死婴设的小坑。洪堡德收集了几个骷髅和一副7岁儿童的骨骼、两具成人的骨架。洪堡德深知印第安人对死者的迷信，就将尸骨暗藏在骡子驮载的篓包里，但这样仍无法骗过印第安随从们，他们的原始嗅觉非常灵敏。印第安人对他们的“古代亲属”所受的待遇颇为不满，他们认为触摸尸骨会受到惩罚的。这当然是无稽之谈。
然而，后来两名科学家还真的有了“报应”。在抵库马纳之前，朋卜兰德患了疟疾，险些丧命，洪堡德也患了严重的伤寒，卧床许久。
洪堡德还对鄂托玛克斯部落进行了一次毛骨悚然的体验。那是当地印第安人最野蛮的一个部落，称为“魔鬼之子”。他们用一种有强烈刺激性的粉末麻醉自己，用鸟的叉骨把这种毒粉送进鼻孔，然后大打喷嚏，人就进入了疯狂好斗的状态。如果不同别的部落作战，他们就在本部落内相互残杀。他们杀人时很少直接打死对方，多半是用手指甲蘸上毒药，将对方蜇死。
抵达库马纳后，洪堡德和朋卜兰德不顾疾病缠身，立刻着手整理植物标本，他们准备用4艘船分别装载。整理时，洪堡德坚持要朋卜兰德把动、植物标本另做副本，以防不测。这真是一个先见之明，后来，装载植物标本卷宗和木盒的西班牙船在回航途中遇到暴风雨，在巨浪中沉入海底！虽然有一艘满载鸟类、猴类和其他爬虫类的船抵达欧洲，但是在到巴黎之前，所有的动物全部死光。为了整理副本，他们多花了一倍的时间。尽管如此，也真是万幸，要不然世人如何认识两位科学家经过千辛万苦得来的丰硕成果呢？
在完成奥里诺科河的探险，将动植物标本运回欧洲后，洪堡德和朋卜兰德又进行了登山探险。1802年，在南美密林中，大病未愈的洪堡德毅然走过笼罩着浓雾的安第斯山的小径，从哥伦比亚的北部抵达了秘鲁的利马。其后，1802年6月，又从厄瓜多尔攀登安第斯山的钦博拉索山峰。这座海拔6272米的高山是厄瓜多尔境内的最高峰，可惜的是，他们在山顶遇到了深18米的无法攀越的裂隙，只好在离顶点只有487米的地方折回下山。然而，这已是当时的世界登山的最高记录。
在秘鲁期间，洪堡德访问了前印加首都卡哈马卡，会晤了阿达瓦巴皇帝的后裔，又沿海岸线旅行，攀登陡峭的岩崖，收集了农民作为肥料的海鸟蛋。
以产鱼闻名的秘鲁海岸，终年都有无以计数的各种海鸟聚集于此，或栖息海岸或繁殖于无人岛屿，因此这里有堆积如山的鸟类堆。洪堡德还完成了如今以他的名字命名的寒流调查工作。他发现这股寒流是造成秘鲁海岸低地潮湿、多雾气候的主因。洪堡德一路走去，将科学的旗帜一路插上，随手拈来都是科学史上开创性的成果。在离开利马之前，他对这座城市的位置首次作了正确的地理学调查。路过厄瓜多尔西南部的瓜亚基尔，他们有机会目睹了科托帕克希火山喷发时的壮丽景观。他们在墨西哥呆了一年，为墨西哥撰写了《新墨西哥王国政治论考》4卷，这本书是研究墨西哥历史的重要参考书。
回国后，洪堡德吃惊地发现他的冒险传说像野火一般在欧洲各国蔓延。
人们甚至传说他已死亡，他的哥哥威廉也忧心忡忡。1804年8月，洪堡德回到了欧洲，1805年8月中旬到达巴黎，他们带回的植物标本就有6000余种，其中半数以上是人们不知道的新品种，他们成了凯旋的将军。洪堡德开始从容不迫、有条不紊地整理材料。他组成了一个有数学家拉普拉斯、解剖学家居维叶等名人参加的协作班子，在离巴黎3英里的一个叫阿格伊的村子里制订了写作计划。歌德惊叹道：“洪堡德像一个有许多龙头的喷泉，你只需要将一个容器置于其下随便一触，任何一边都会流出清澈的泉水。”
洪堡德的才华以及著作为他赢得了盛名。人们称洪堡德为知识界的大祭司。“他一入场，我们其他的人在前一刻所进行的活动就变成了不屑一顾的木偶戏。他好比一头大象，拉垮一株树就像我们拣起一根针那么容易。”他应聘到柏林讲学，听众中有他的密友普鲁士国王。
70岁以后，洪堡德开始写反映南美探险成果的伟大著作《宇宙》。这本书一直写到他90岁去世。从来没有一个南美探险家像他那样受到这么多人、这么盛大的欢迎。《宇宙》最后一卷出版后，驻柏林的美国大使馆邀请洪堡德出席为华盛顿诞辰而举行的庆祝会。大使馆的秘书举杯发表了祝酒辞说：“一个为乔治·华盛顿，美国的国父；一个为冯·洪堡德男爵，科学之王，普通的君主连为这位科学之王系鞋带也是不配的。”
从取得的科学成果上看，洪堡德和朋卜兰德所进行的是一次最伟大的南美科学探险。从科学研究的角度来说，他们的这次探险是第二次发现了热带的南美洲。
达尔文的发现
排水量为235吨的“贝格尔”号以每小时13～15公里的速度飞速前进，达尔文平安地度过了第一个晚上。但是，从第二天起，达尔文开始遭受折磨，这种折磨持续了整整一周，对他来讲，这是可怕的一周，晕船使他的情绪大为低落。他掏出航海日记写道：“这是最大的不幸。”当船经过马德拉群岛时，他甚至连离开吊床、登上甲板去看一眼的气力都没有了。
1831年秋天，年仅22岁的神学院学生查理·达尔文登上了英国军舰“贝格尔”号，开始了长达5年的远航探险。他带上了洪堡德的《南美旅行记》，这是剑桥著名的矿物学、植物学教授亨斯洛送给他的，扉页写着：“J·S·亨斯洛，送给他的朋友C·达尔文离开英国去开始他的环球航行时，1831年9月21日。”
1832年2月28日，“贝格尔”号在南美洲巴西的里约热内卢靠岸。
19世纪初的南美内地陷于动荡不安的状态，比北美西部更为落后，经常发生残酷的流血事件。牧场主为了保护自己的庄园，随时处于备战状态之中。
南美刚刚从西班牙手中获得一些独立权，一切尚未走上轨道，政府和居民之间没有法律或治安条例，穷人和富人都按照令人费解、没有明文记载的惯例生活着。
达尔文惊异地发现，教育在南美简直是异想天开的事，连上流阶层也极少接受教育。官居高位的军人，大部分仅能勉强地写出自己的名字。如此无知的世界实在令人难以想象。一次，达尔文应邀出席智利政府举行的宴会，大厅内热闹非凡，在场的都是上流显贵，他们衣冠楚楚，彬彬有礼，夫人们个个长裙曳地，风姿迷人。优雅的音乐奏起，人们翩翩起舞。堂皇华丽的巨型吊灯从顶棚倒垂下来，将大厅照得光泽逼人。二楼的厢房内三五成群的达官贵人在闲聊着，他们见达尔文来了，知道这位年轻的欧洲人是从事科学研究的。于是，一位体面的贵族饶有兴趣地问：“达尔文先生，您是否能告诉我，究竟是太阳在转动，还是地球在转动？”达尔文惊愕地说不出话来，等他简短地回答了这个愚蠢的问题后，另一个声音飘进他的耳朵：“越向北方是越冷，还是越热？”达尔文想不到这些人无知到这种地点。达尔文事后回忆说：“稍有知识的人都知道伦敦和北美是两个不同的地区，但是他们仍然以为两者距离很近，甚至认为英格兰是伦敦的一个大都市。当我告诉他们地球是圆形时，大家都露出一脸的惊讶，几乎不敢相信那是事实。我还说如果持续在这里挖一个洞的话，一定可以走到地球的另一端去。听了这些话，这群无知、幼稚的贵族竟然用困惑的眼光瞪着我。”
在南美逗留的最初几个月中，达尔文在里约热内卢四周的高地进行了调查。那里是地形复杂、未开发的沼泽地带。达尔文为了更深入地了解南美原始地区，便骑着马四处探访。他穿过山谷间宽阔的草原，发现草原上到处可见高约4米的圆锥形蚂蚁巢。那里的草丛繁殖得很密，树藤蔓延丛生，有时达尔文不得不用砍刀开路。
到了黄昏时，倾盆大雨直泻而下，洗涤着闷热的大地，骤雨初歇，地面立刻散发着大量的水蒸气，迷迷濛濛的一片烟气，笼罩着远山近树。异国的夜晚充满了梦样的迷人情调，而达尔文则利用晚上的时间解剖萤火虫，他取出会发光的液体细心地琢磨着。他对南美热带雨林中的蚂蚁、蜘蛛都饶有兴趣，他在日记中写道：“第一次来到热带雨林的人，对这里的蚂蚁一定会感到吃惊不已。这里几乎每一个地方都有蚂蚁的支路，在任何一条蚂蚁路上，你都可以见到一群群的蚂蚁在那里寻找食物。它们大得可怕，搬运着比它们的身体还要大的绿树叶。”
从里约热内卢出发后，“贝格尔”号继续向着拉普拉塔河前进，就在离开河岸16公里的地方，达尔文遇上了“蝴蝶云”。成千上万只鲜艳斑斓的蝴蝶遮住了明朗的阳光。蝴蝶在空中飞舞着，人们还听到它们翅膀扇动的声音。
达尔文举起望远镜想看看“蝴蝶云”的尽头在哪，谁知一眼望不透这片“蝴蝶云”，无法找出空隙，他完全被包围在这片美丽的飘动着的云彩之中。
到达白湾后，达尔文决定离船，以马代步，穿过彭巴地区，向800公里外的布宜诺斯艾利斯前进，在那里再与船只会合。彭巴是盗匪出没的地区，胆小谨慎的探险者常常在此却步。在那里行走，除了要胆量外，还必须具有高超的骑术，达尔文的骑术是相当娴熟的。达尔文与一批自愿同行的牧人一起出发了。这些牧人外形挺拔，个个留着大胡子，鬈曲的长发披在背后。牧人都精于骑术，驾驭一匹未经驯服的野马，对他们来说是轻而易举的事。达尔文亲眼目睹过他们精湛的骑术。一天，一匹野马突然发了性，暴躁地跳着，骑手以食指和拇指操纵着缰绳，穿过院子，在走廊的柱子四周急速绕转着。
由于骑手的有力控制，马与墙之间始终保持一定距离。马背上的骑手还伸出手来触摸石柱，轻松潇洒，擅长骑术的达尔文对这般绝技也自叹弗如。
牧民告诉达尔文如何用石子抓动物。他们教他先用三张皮分别包住三块石头，再用长度适中的马绳扎紧石头。用时先在头上挥舞几圈，再向跑动的动物腿扔去，这种快速旋转的石头绳子足以绊倒奔跑中的动物。如果骑术精湛，可以在100米以外轻易抓住骆马和小牛。
彭巴的夜晚充满危险，美洲狮和狐狸在草原中四处流浪，威胁着过路的牲口。一个夜晚，达尔文等人就是用美洲狮和骆马肉作晚餐的。这些特殊的餐点不是猎取的，是暴风雨的功劳。草原上疯狂无比